«Ես մտածում եմ, որ հոգեբուժությունը պետք է հայտարարվի օրենքից դուրս։ Այն կարծես նացիզմ լինի»․ Թոմ Քրուզ

2004 թվականի հունվարին Թոմ Քրուզն ասաց. «Ես մտածում եմ, որ հոգեբուժությունը պետք է հայտարարվի օրենքից դուրս»: Entertainment Weekly հաղորդման հարցազրույցում Քրուզը հոգեբուժությունն անվանեց բժշկության «նացիզմ»: Բաց բանավեճ առաջացավ 2005 թվականին այն բանից հետո, երբ նա բացեիբաց քննադատեց դերասանուհի Բրուկ Շիլդսին Paxil (Պարոքսետին) հակադեպրեսանտ ընդունելու համար։ Քրուզը պնդում էր, որ «քիմիական անհավասարակշռություն» երևույթ գոյություն չունի, և որ հոգոբուժությունը կեղծ գիտություն է: Շիլդսը պատասխանեց Քրուզին, որ նա «պետք է փրկի աշխարհը այլմոլոկայիններից և թույլ տա կանանց, ովքեր ունեն հետծննդաբերական դեպրեսիա, ինքնուրույն որոշել, թե բուժման որ տարբերակներն են ճիշտ»: Դա բուռն վեճ առաջացրեց Քրուզի և NBC հեռուստաալիքի հաղորդավար Մեթ Լաուերի միջև 2005 թվականի հունիսի 24-ին: Ավելի ուշ Քրուզը անձամբ ներողություն խնդրեց Շիլդսից իր քննադատության համար։ 2015 թվականին HBO հեռուստալիքի Ալեքս Գիբնեյի «Ճանապարհ դեպի մաքրություն. Սաենթոլոգիա և հավատի բանտ» վավերագրական ֆիլմում ասվում է, որ Թոմ Քրուզը ընկերություն է արել սաենթոլոգիայի առաջնորդ Դեյվիդ Միցկևիչի հետ, բայց նրանց հարաբերությունները փչացել են, երբ Քրուզը հարաբերություններ է սկսել Նիկոլ Քիդմանի հետ, քանի որ սաենթոլոգները չէին սիրում դերասանուհուն այն պատճառով, որ նրա հայրը հոգեբան էր և ազդեցություն էր ունենում Թոմի վրա։ Երբ նրանց հաջողվեց հասնել Քրուզի և Քիդմանի բաժանմանը, սաենթոլոգները համոզեցին դերասանուհի Նազանին Բոնիադիին հարաբերություններ ստեղծել Քրուզի հետ, սակայն այդ հարաբերությունները շուտով փչացան։ Դերասանը ակտիվ դեր է խաղում «Scientology Media Productions» մուլտիմեդիական խմբի աշխատանքի մեջ։